饲料的交叉污染在饲料加工，转运和储存等过程中均可能发生。除尘系统、混合机、制粒机、螺旋输送机、斗式提升机、除尘器、配料仓等都可能包含粉尘和物料残留，从而对下一批次的饲料生产造成污染。

二、如何预防饲料生产中交叉污染

1、优化设备工艺组合

吸风除尘系统尽可能设置独立风网，采用专业饲料生产线生产特定类别的动物饲料，独立设置反刍动物饲料生产线。尽量缩短输送距离，减少物料分级和交叉污染。设置专门存放冲洗料、回机料的料仓，使物料回收利用机械化、自动化。

为了“防交叉污染”需要对饲料生产进行正确排序。一般排序时，参照“无药物在前、有药物在后”的原则，方案如下：无药饲料→低药物含量饲料→高药物含量饲料→冲（清）洗。排序法应该应用到整个加工系统。良好的生产排序可以最大化降低药物残留，减少交叉污染风险。

将饲料加工过程中交叉污染风险降至最低的简单方法，就是对饲料加工设备定期进行冲洗。“冲洗”就是使用一定数量的一种原料，如玉米粉、豆粕或麦麸等，带走先前加工药物饲料或动物源性饲料时设备上的残留。若未能事先验证，推荐使用量为混合机额定混合量的80%～100%。“冲洗”应从待粉碎仓开始，贯穿整个生产流程，并定期检查加工设备来确认冲洗程序是否有效。用过的冲刷料要贴上明确标识并分类储存，以备再次利用。